運輸署向區議會提交的文件顯示，新皇崗口岸的交通布局擬訂透過延伸及新增共7條專營巴士線，連同6條專線小巴、的士及跨境巴士的配套，將能直達港九新界多個主要地區，如港島東、葵青、啟德、馬鞍山、元朗及屯門等。隨著「一地兩檢」安排即將實施，現有皇巴士將在新口岸啟用後停運。
擬開通路線重點（有待正式公布）：
- 城巴976A：由新田繼續延伸至新皇崗口岸，並由繁忙時間提升至全日服務，來往新皇崗口岸及小西灣
- 九巴N73：由沙田市中心延伸至新皇崗口岸，滿足深宵過境乘客需求
- 其餘5條新增專營巴士線：覆蓋葵芳、啟德、屯門、馬鞍山、元朗等地區
- 6條專線小巴配合接駁，連接口岸與周邊社區
新皇崗口岸採用「一地兩檢」安排，旅客只需在同一棟大樓完成香港及內地通關手續，大大縮短過關時間。舊皇巴士將在新口岸啟用後停運，市民需改用新專營巴士路線前往。
運輸署呼籲跨境旅客留意最新交通安排，具體路線詳情及啟用日期將待運輸署正式公布後實施。